本话开始前的故事和OVA非常相似，高谷典子正接受训练，一直冷眼旁观的和美终于忍不住了，她向教练提出由她一人来驾驶GUNBUSTER。但是，GUNBUSTER如果不是由两个人来驾驶的话，是不能发挥出真正实力的，所以教练断然拒绝了和美的要求。而由于空间有不寻常的反应，田代舰长便发出求救讯号……
这一战的初期真是令人非常烦恼，因为只有富士皇后号独自对抗巴夫库兰军的汉尼巴尔。所幸富士皇后号的装甲和HP不俗，受到一定损伤后还是能够将敌人击退。随之而来的是更多的敌人，眼看富士皇后号将被击沉，典子本想独自驾驶GUNBUSTER出击，不过被和美说服最终两人一同驾驶GUNBUSTER出击。（这和原作的剧情不符，但为何要播同样的片段呢？）
为了替富士皇后号解围，GUNBUSTER一定要使用强大的地图兵器尽快将敌人一扫而光，当然免不了要使用热血、必中等精神力量。当击倒汉尼巴尔后，马修曼的DC军便会出现，隆德贝路舰队亦同时赶到。（如果到了第8回合汉尼巴尔依然未被击毙时，DC军亦会出现并和巴夫库兰军互相残杀，至于隆德贝路舰队会在GUNBUSTER没有能源后才出现。）
战斗结束后，富士皇后号因为受创颇重，所以暂时不能加入，还得回基地调校。另一方面，在地球上甲儿他们已经消灭了恶魔高达，正准备上宇宙和众人会合。
- 地上篇：第61话 被解除的封印
由于之前曾收到早乙女研究所发生了事故，所以在战斗完结之后，流龙马等人便一定要回研究所看个究竟，而且最近新三一万能侠的能力好像有点问题，所以他们也可以顺道为新三一万能侠检查一下。
来到早乙女研究所后，虽然早乙女博士说这里一切安好，但神隼人似乎已经知道了事情的真相，希望博士准许他们使用新的机体，那新的机体是什么呢？原来，先前所说的事故便是三一射线泄漏事故，泄漏出来的大量三一射线使旧的三一万能侠发生异变，旧的三一万能侠已经不复存在，由于不清楚异变出来的新机体是否安全，所以早乙女博士一直没有将此事公开，自然也不肯让流龙马他们使用这个“突变”机体。 正当流龙马等人和早乙女博士商谈之时，敌人再次出现，但是新三一万能侠仍在检查中，所以不能出动。由于这战的敌人是由地狱博士率领的DC军，所以大多数敌人是地面部队，且战力有限，唯一的优点就是HP较高而已。眼见同伴们在和敌人激战而自己又不能出击，流龙马等人感到非常气结，在多次的哀求下，早乙女博士终于答应让他们使用新机体出战，并为其取名“真·三一万能侠”，不过现在新机体还不稳定不能变形。 战斗结束后，真·三一万能侠终于能够变形了。此时，尊者高达突然出现，并扬言要和多蒙一对一地对决。多蒙应邀出击，师徒俩战得正欢时恶魔高达突然出现，令人费解的是东方不败竟然替多蒙挡住恶魔高达的攻击，还将其流派最终奥义“石破天惊拳”传授给多蒙！
- 地上篇：第62话 决战、第2新东京
三部EVA回到其总部NERV检修，律子会问美里要如何对三台EVA的装甲、特殊装甲COATING和神经脉冲如何强化，如果这三部机体已经被改造到最高LEVEL的话，就会浪费这次强化了，而且这三种强化是不可以同时安装在同一部机体上的。 当三部EVA在强化改造的时候，敌人再次向他们攻击，敌首领居然是已死了的黑暗大将军！莫非这个黑暗大将军也是个再造人？因为这场战斗中有空中敌人存在，所以为了省力的话，事先为三部EVA装备飞行装甲比较好。另外，因为没有母舰，所以EVA必须要利用那些供电大厦，要不时地切断电缆，然后移动到另一个大厦上再驳接上电缆。
当击败黑暗大将军后，第5使徒RAMIEL突然出现，一击便将黑暗大将军消灭。因为RAMIEL的AT FIELD非常强，一般的攻击根本伤不了他，所以真嗣等人只能暂时撤退另想办法。
在光子力研究所，甲儿便要决定是制造新的魔神皇帝抑或改造铁甲万能侠，相信绝大多数人都会选择魔神皇帝的吧！ 为了击倒RAMIEL，NERV制造出阳电子炮改，它的威力足够可以将第5使徒的AT FIELD中和，不过这需要大量的能源，最后借助高拉特母舰上的奥拉力量来提供能源。基本上这场战斗是一个非常大的EVENT，因为这场战斗和《新世纪EVANGELION》TV版中的第6集一模一样，根据谁的同步率最高而决定由谁来担当炮手，基本上是由真嗣来担当的。首先需要3回合的时间来替阳电子炮充电，在此期间初号机和高拉安都不能行动，绫波丽则担当掩护的任务，需要不断使用“闪避”来抵挡第5使徒的狂攻。第4回合时，双方对射失败，然后第2次发射，此时绫波丽会拿着盾为初号机挡住攻击，直至第5使徒被消灭。
- 地上篇：第63话 编织命运的人们
甲儿新的机体魔神皇帝是集真·三一万能侠与铁甲万能侠的专长于一身，既有强大的防御力，又有自我修补能力，实在是非常好用的机体。另一方面，NERV的碇司令似乎在进行着某些不可告人的事情，不过现在要应付的是第14使徒ZERUEL，无暇顾及这个阴险的大叔。
在本话中，首先要面对的敌人是从两边夹击的，右方是第14使徒，左面则是监察者。其实ZERUEL并不难对付，只要装备飞行装甲就可以屈死他了。不过若是要取得S2机关的话，就要让初号机被第14使徒打至暴走，然后就会自动打倒ZERUEL并将其连同S2机关一同吃进肚中，以后初号机就再也不用拖着电线行走了。第2回合甲儿驾驶着魔神皇帝前来增援，第4回合时我军其他成员赶至，此时再去对付监察者就比较容易了。不过要注意的是监察者的真正目标是第14使徒，如果他一旦被杀，监察者就会撤退。
- 地上篇（隐藏路线）：第63话 我就是我生存的理由
进入此隐藏路线（BADENDING）的条件：
在“阿库西斯之攻防”中不要说得卡多鲁；
在“异质之物的挽歌”中一定要派真嗣出战；
在“被解除的封印”之前，初号机要暴走五次或以上（最初出场时的暴走不计算在内）；
在“决战、第2新东京”中，要让真嗣成为炮手，绫波丽自爆的剧情就会发生。
达成以上四个条件，自动进入隐藏路线。
绫波丽发生自爆后，竟然没有死，纵然如此真嗣也感到很内疚。另一方面，在NERV之中奇怪的事件一再发生，碇司令不知又在做什么神秘的事，同时双重间谍加持也在调查一些不可告人的秘密。此时第14使徒向NERV进攻，似乎现在要先对付敌人，其他事情容后处理。
在进行战斗前，不要忘记替3部EVA装备飞行装甲，因为第14使徒ZERUEL只能做地面攻击。另外，进入此话后零号机上就会多出一件武器那就是“朗基奴斯枪”，但是该武器的使用价值并不高，首先要气力140方能使用，虽然有5000的破坏力、射程达到10格，但要气力值储到140，实在是太过浪费了！（就好像多蒙的石破天惊拳一样，居然要气力150方能使用，且多蒙又没有魂，比起气力120就能使用石破天惊拳的东方不败以及拥有魂的主角所使用的计都罗喉暗剑杀来说，也是很勉强的）这一关的形势和“编织命运的人们”那一话相同，第14使徒消灭后监察者就会撤退。
- 地上篇（隐藏路线）：第64话 未完的使者
一直以来的战斗令隆德贝路舰队的成员们感到非常疲倦，而且在战斗中的牺牲也太大了。接着众人又得知新EVA三号机的驾驶员将要到来，大家纷纷猜测这位驾驶员究竟是怎样一个人……
原来那个新驾驶的名字叫“渚薰”，和绫波丽一样是个完全没有身份的人，单是这点已令其他人对他起了一定的疑心。另一方面，加持竟然说所谓的“人类补完计划”，其实是有人要以人类的手将第一使徒“ADAM”复元……
要“完美”地完成这个BAD END，其实是要依一个非常苛刻的条件，便是要依次杀死敌人，且这场战斗中的敌人实在强得可以，居然都是使徒！他们分别是第3使徒SACHIEL、第4使徒SHAMSHEL、第5使徒RAMIEL、第14使徒ZERUEL，这些也是之前对付过的敌人，不过为何现在又会……无论如何，现在要先决定怎样对付他们，因为本话中是一定要将他们全部消灭的。而这战绝对是策略的战斗，因为在第3回合EVA三号机便会出现，渚薰立刻变成使徒，幸好他是没有对空攻击的，所以玩家大可利用飞行机体将他封住，然后顺便将有同样特性的第3使徒消灭。
至于其他使徒，其中的第4使徒和第5使徒基本上是比较难对付的，所以必定要优先处理。另一方面要注意第5使徒的位置，因为这家伙的攻击射程可以达到11格之远，一旦进入其射程范围内便在劫难逃。渚薰要留到最后再去对付，他便会要求真嗣杀了他，然后便是重现动画片有史以来最长的定格画面，各位便可去泡杯茶、吃块点心之类再回到电视机前或许会发现定格还未过去……BAD ENDING。
- 地上篇：第64话 被称为恶魔的高达
当众人正为恶魔高达的去向而感到烦恼之际，万丈突然通知众人有关恶魔高达的所在，原来是从碇司令处收到的情报。原来恶魔高达是在香港的大屿山，看来这又和周润发有关了。
这一战非常激烈，敌军会分7次出现。敌军初期配置中狂战士化的诺贝尔高达的驾驶员安蕾比是可以说得的，但过程就比较麻烦。先是要让多蒙去说得并击败诺贝尔高达，然后安蕾比会转乘笑傲江湖，此时多蒙已不能再度说得她，必须按照原作的剧情让铃出马。先要让铃攻击安蕾比，但不能将她杀死，过几个回合铃就会发现笑傲江湖上的狂战士接收器，将之击毁后就可以击坠笑傲江湖，战斗结束后安勒比就能重建了。第3回合出现的敌援军乃多库加三干部，他们是为了恶魔高达而来，不会与隆德贝路舰队为敌。当恶魔高达被击倒后，东方不败就骑乘着爱马“风云再起”出现。让多蒙上前和他交战，坚持到两人之间的对话全部结束而东方不败仍未被击败时，便能说得东方不败，日后他会加入队伍中。
- 地上篇：第65话 瞬间通往宇宙
由于地上的敌人已经被消灭了七七八八，所以众人便准备前往宇宙和其他队员会合。不过，正当众人要向宇宙进发的时候，敌人的部队又出现了，如果基地被毁抑或战舰被摧毁的话作战便告失败。
这一战的战略是非常有趣的，因为敌人会从5个不同的方向进攻发射基地，所以我军亦要分成多个部分作出反击，因此要小心分配机体。当敌机少于3架时，黄润发便会驾驶着笑傲江湖出现，理论上自然是要多蒙去收拾他。战斗结束后，当众人准备升空之际，笑傲江湖竟然再次出现，多蒙驾驶着神高达离开母舰彻底击毁笑傲江湖，但因为母舰已经升空，眼看赶不上的多蒙正在焦急之时，风云再起突然出现并载着神高达冲出大气圈与其他队员汇合。不过其他人看到神高达居然骑在一匹马上，都怀疑自己的眼花了要不就是劳累过度出现幻觉……
- 共通路线：第66话 精算过去、接下来……
地上和宇宙的两队人马终于汇合了，双方交换一下各自的情况后又要迎击敌人了。这一战的敌人是波赞达鲁军，意外的是其首领波赞达鲁竟然也在其中。不过本话的战斗时间是非常短的，原因是当敌人的数目低于15部便会撤退，而第4回合时加布雷的增援部队到来，不过如果这之前波赞达鲁军撤退的话，他也会跟着撤退的。
- 共通路线：第67话 悲伤的卡多鲁
因为铃留在了殖民卫星，所以多蒙就有些心烦意乱。另一方面，根据基利亚姆的情报，众人得知DC正在开始活动。隆德贝路舰队现在实在没有充足的力量，所以众人先要到卫星1号一行，以得到适当的补给。
本话的敌人乃监察者和波赞达鲁，而作为援军的波赞达鲁军于第3回合在下方卫星附近出现。另外，这一关有个很大的陷阱，那就是到了第5回合时卡多鲁驾驶着WING 0出现，他因为父亲被杀而发狂，一出场便用地图炮轰掉了下方的那个卫星！因为这个时候我军基本上就在这个区域内战斗，所以千万不要将机体放置在卫星上，否则会一并被击毁的。
战斗结束后，隆德贝路舰队终于得到了补给，高达系列中老牌的机械师阿斯特纳济也来到，不仅得到了量产型的新高达（这里要决定是给新高达装备NEW TYPE专用的浮游飞翔炮抑或普通人使用的垒球炮，建议装备浮游飞翔炮然后将此机体给加美尤驾驶），且可以10段改造了。最后，要玩者决定是去对抗DC、还是监察者-波赞达鲁联合军。
- DC：第68话 错综复杂的思想
选择对付DC后，就要开展实战了。这关的任务有两个，前段的目的要将侵入卫星的敌人消灭。不过，这是非常容易完成的任务，如果玩者不想有太大损伤的话，就直接飞上卫星阻止敌人。不过，这样便会错过不少地方的“贵价机”。另一方面，放弃了这些敌人亦是为了保存实力，因为当入侵卫星的敌人被消灭后，这话真正的敌人就会出现，如果前段太落力的话，这时候就有可能后劲不足。当敌人增援部队出现后，作战目的就会变成“将敌人全灭”。第2次敌人的增援出现后，伊狄安自动出击且突然伊狄计达到满值，发动非常厉害的“伊狄安枪”，将所有敌人全灭！（注意我方成员千万不要走入伊狄安的射程内，被这最强的地图炮波击）
- DC：第69话 理想与现实
对于近期的作战，卡多认为失利的原因不是自己的战力不足，而可能是有人故意将军方的消息泄露出去，而且他认定这人肯定是在自军中。另一方面，基利亚姆收到最新的消息，桑古王国现在正被大量DC军包围，情况非常危急，所以隆德贝路舰队一定要尽快前去救援。但是因为距离较远，故只能先派出一些高机动性的机体出动，以便尽快抵达桑古王国。（在CYBASTER、Z高达、GP-03、美塔斯、翼霸、ZZ高达、灵格斯、L-GAIM mkⅡ、主角机体中选择5部。）
这一战中因为有NPC存在，所以要随时留意他们。为了快些完成战斗，不如冒一下险棗将安藤正树的CYBASTER放到敌阵中，以热血佐以地图炮收拾敌人。另外，敌军中有些机体是会使用浮游飞翔炮的，一定要特别小心。第3回合，隆德贝路舰队其他成员赶到；第4回合，NPC的米利亚特（即塞克斯）驾驶着高达艾比安前来增援。
- DC：第70话 发光、断剑
DC军的行动一直遭到隆德贝路舰队的阻碍，不过他们是不会轻易放弃所有的计划，其野心依然是要夺得整个宇宙，所以提倡完全和平主义的桑古成为他们最大的障碍，DC军一定要将桑古王国消灭。被逼急了的DC军竟然出动当初一年战争时自护军的“太阳炮”！为了达成目的，DC军决定利用卫星3号来进行计划，用直径有6.5km的巨大卫星来制造太阳炮的话，其威力实在无法估计！（如果有DOUBLE X高达的话，想必就可以与之对抗了吧？）
DC军非常重视这次行动，其总帅基雷竟然亲自到场监督。而呈现在隆德贝路舰队面前居然有3个卫星，但不知哪个才是DC军的目标，所以大家就要猜一猜了，正确的答案是C。只要选择正确的话，就不用攻打其他两个。当然，如果多打一个的话，得到的利益自然也更多，所以也不妨到其它两个殖民卫星一行，可能会有意外收获呢！敌人中除了基雷外，其他都是小菜一碟，不过因为时间限制是15回合，不能太得意以致超过了时间。
- DC：第71话 血染的双手
在上一场战役中，隆德贝路舰队成功地阻止了DC的行动，令其受到一定的损害，对士气也有一定的影响。所以，布拉度觉得这是攻打所罗门的大好时机。而据柯瓦特罗所言，负责守护所罗门要塞的人正是萨比家儿子多兹鲁，他是个非常有尊严的人，不会像其兄长那样耍诡计，而是坚持“堂堂正正”作战的人。由于所罗门的防守非常严密，故隆德贝路舰队使用加上AI系统的吹气机体，来引开敌人的注意力，使本队能够顺利地到达所罗门。
在战斗一开始，两个小队的“气球”于左上方位置出现，所以，这场战斗的决定因素便是“时间”，因为这些“气球”的战斗力非常有限（应该说是防御力才对，因为他们不会攻击），基本上是被敌人一炮一只地击坠，且敌人大都有两回行动，所以不出几个回合就会被全部歼灭，在此期间隆德贝路舰队一定要赶至所罗门要塞。
虽然说要注重时间，但有时候也不能太快，因为此话中，右边有一由马修曼率领的小队会向所罗门进发，大可等待他们抵达后才一举将其歼灭。另外，当敌机少于6架时，其增援会出现在所罗门要塞上；所有“气球”被击毁后，我方援军出现在要塞上方，那就是水之魔装机神GADES（狄蒂）以及火之魔装机神GROUNVOLL（黄炎龙）。因为这两人太靠近所罗门要塞，且一旦攻击要塞多兹鲁就会出现，狄蒂和黄炎龙的处境非常危险，要好好保护他们。至于多兹鲁，似乎知道这一战必死无疑，便要哈曼带走他的女儿美妮瓦，以留下一点血脉……
- DC：第72话 虚构的偶像
战事一场一场地失利，对DC军来说的确是非常大的打击，不过，对一直忠心于自护的卡多来说，更加感到无奈，在其心中开始产生了一个疑问：“以这么大的牺牲换回来的胜利，有意义吗？”此时，DC中又出现一个大问题，那就是监察者的来访，且基雷似乎和他们有什么密切的关系。
这是一场埋身的肉搏战，因为亚巴奥虽然在很远的地方，不过其军力已经来到隆德贝路舰队之前，所以一开始便是场真正的战斗。由于一开始便要和敌人苦战，所以可能会令到达亚巴奥的时间稍微迟些，不过就算是到达了亚巴奥也不能以很快的时间完成战斗，因为在这里有两个非常难缠的家伙，那就是基雷和吉茜莉娅兄妹俩，他们所乘坐的母舰乃超级强袭空母多罗斯，其装甲、武器等都强得有些过分，要花好一段时间才能将其击倒。在第8回合时，我军的援兵富士皇后号和GUNBUSTER便会赶到，但是因为出现的时间较迟，可能已经没他们的份了。至于哈曼，当然又要柯瓦特罗去说得她了，且不能杀了她。监察者方面，洛夫和塞蒂任一人的HP降至一半时就会撤退。另外，从这一话开始，一些有密切关系的人物被击倒之后，其伙伴就会使用精神力量，一定要小心！
过关之后，捷度他们提出要到亚巴奥中去捡破烂，如果答应的话就能找到GP-02，反之，稍后捷度会决定是否偷偷地去亚巴奥，如果去的话能找到诺艾·基尔（卡多的机体），否则什么也没有。
- DC：第73话 复仇之刃
捷度他们虽然安全归来，但亚巴奥爆炸的时候，令人非常担心，所以一向比较好说话的布拉度也给众人一记耳光。（ZZ高达中的那班小孩真是有够麻烦的，记得在原作中他们折腾得还要厉害，一会儿要偷Z高达、稍有不满就要把亚加玛卖给阿库西斯军、在Z高达上安装扎古的脑袋并称之为Z扎古、最后还把布拉度抛弃在拉比安玫瑰并偷走了新亚加玛自封为代理舰长。这次完结篇中他们所捣的乱只能算是小菜一碟了，高达系列中能与捷度他们相媲美的主角大概也只有X高达的卡洛特了吧？此君也时常作出拍卖X高达、抓女主角蒂法作人质恐吓自己的伙伴、用DOUBLE X高达的主炮威胁敌人而当目的达到后又不守诺言摧毁太阳炮之类的事，所幸本次机器人大战没有把X高达加进去，否则布拉度舰长就太可怜了！）
故事到了现在，相信已有很多事情已经真相大白了。但是，对于监察者、伊狄他们的事情依然未能解决，再加上先前收到有关月球的消息，所以现在隆德贝路舰队便要先到月球一行，但当他们一进入月球轨道时便受到了敌人的袭击。
这一战的敌人是波赞达鲁军，又将是一番苦战。不过一开场就有一段小插曲，原来敌人的先锋阿丝菲认为达巴是她的杀母仇人。只要让达巴移动到阿丝菲身边，然后就可以说得她。另一方面，敌人的攻势并不积极，其主队基本上不会主动攻击，反而是入侵月球的部队会向阻碍他们的人发动攻击，所以隆德贝路的首要目标就是歼灭入侵月球的部队。不过，基瓦桑被击毙后，波赞达鲁军就会撤退。接着出现的敌人便是伊狄安的死对头巴夫库兰军，实际上他们的机体并非很强，唯有HP稍长些，其他地方就一无是处了。
战斗结束后，玩者要选择是否让阿丝菲成为驾驶员，因为现在隆德贝路舰队中缺少一名机械员，而阿丝菲又是这方面的专长，不过无论怎样决定也不会影响到今后剧情的。
- DC：第74话 翻倒的叛旗
在张五飞的引导下，众人来到月球基地与其主管莎莉见面。莎莉似乎收集到不少情报，当然，这些并非她一人的功劳，还有狄奥和五飞相帮。
本话的敌人依然是波赞达鲁军，所以达巴是强制出击的。所幸波赞达鲁军因内部问题而分裂成两派，且自相残杀。有一点需要注意的是此战中有NPC存在，那就是希罗、特洛瓦、蕾蒂以及四名士兵，要好好照顾他们。而波赞达鲁的HP被削至一半以下时，左方的敌人就会撤退。右方的十三人众首领基瓦桑的母舰中有达巴的妹妹奥丽碧，在击毁它之前一定要让达巴上前去说得并适当地攻击。
另一方面，发疯的卡多鲁也会过来掺一脚，只要坚持到第8个回合，卡多鲁、希罗、特洛瓦三人皆生存时，便能说得卡多鲁并于得到WING 0，且经过几话后能得到强化的WING 0。因为希罗和特洛瓦会主动去攻击卡多鲁，所以要用“挑发”将卡多鲁从希罗他们身边引开来。第7回合时，右上方出现DC军，不过实力并非很强。
- DC：第75话 双重演奏
达巴将母舰击毁后，一直以为自己的妹妹也在这次事件中死了，所以非常伤心。所幸结果并非他想象中那么差，原来奥丽碧乘逃生舱出来，虽然受了伤，但没有生命危险。另一方面，在战斗之后隆德贝路舰队得知西洛克已经和监察者联手，所以监察者那方面的力量肯定会增强不少。露娜Ⅱ是布拉度他们的下一个目标，因为这好是一个非常重要的地点，所以不容有失。但是，露娜Ⅱ内部比较狭窄，所以大型机器人是不能进入，所以只能靠那些体积比较小的机体了，至于大型机器人则要在外防守兼带护送新亚加玛抵达露娜Ⅱ。 本话分为三场战役，第一场以大型机器人为主，出击地点在右方，行军的路线应该一直往左移，绝对不要向下移动，因为这样会危害新亚加玛的安全。事关在这场战斗中，玩者最大的目的不是将敌人赶尽杀绝，而是要新亚加玛顺利地进入露娜Ⅱ，所以绝对不能过分杀戮。至于下方的新亚加玛，则要在上方进行激战时尽量往前飞，幸而布拉度本身有加速，所以可在5回合内到达露娜Ⅱ。虽然途中可能会受到一点儿攻击，但无需理会只要向前冲即可。
第二场战役是在露娜Ⅱ内进行。最关键的敌方机体便是西洛克的基·欧和波赞达鲁的奥津，只要能好好地对付这两台机体便可以得到最后的胜利，不过要做到这一点并不容易，因为这两部机体可以说是众多敌人中最坚硬的，一般攻击起不了作用，且拥有大技的大型机器人又不在场，就需要充分利用热血和魂等精神力量的大攻击方可对两部机体作出致命的打击。不过，除了这两部机体外，其他一些波赞达鲁的机体也要注意，因为他们拥有MAP兵器，且是两回行动。
第三场战役比较费心思，因为敌人乃真正的波赞达鲁即阿曼达拉·卡曼达拉，要命的是我方皆命中、回避率低的大型机器人。所幸第3回合时有救兵赶到，那就是白河愁的古兰索和萨菲妮的维莎露改，有这两部机体作盾牌，隆德贝路舰队大可安心地等待主队归来后再发动总攻。战斗结束后，白河愁和萨菲妮两人很自然地成为仲间，还发表了“热爱地球”之类的表面文章。
- DC：第76话 在恐怖与恐慌的狭逢间
现在，差不多所有的敌人都被消灭了，所以可以调查一下有关伊狄的事了。不过，隆德贝路舰队还有另一个重要任务，便是向火星进发，因为那里是敌人最后的根据地，一定要在他们集结完成之前进行攻击，才能将其一举歼灭。要在短时间内到达火星，就要利用到富士皇后号的缩退引擎。利用亚空间航法，隆德贝路舰队很快到达了火星附近，不过在这里有一些人在等待着隆德贝路舰队的来临呢！那就是监察者！ 经过一场非常艰苦的三分战之后，似乎有意让大家轻松一下，这场战斗真是非常易处理。因为本话要应付的敌人很少，且其素质又差强人意，除了三个小队长洛夫、塞蒂、塞布之外。第7回合时有一不速之客来到，那就是《第三次超级机器人大战》中监察者的小队长之一美基波斯，他本来应该已死了，不知为何又会出现？无论他是生人还是死人，此行的目的是传达枢密院的命令，那就是要洛夫他们撤退。原来与地球为敌全是塞萨纳自己的意愿，枢密院的命令只是提供技术给地球人，并非期望发动战争。玩者可以决定是否放过这些人抑或一网打尽。
- DC：第77话 激震的赤红大地
战斗结束后，正树问及有关白河愁帮助他们的真正目的，原来白河愁是要找监察者的司令塞萨纳报仇，因为他一直在被塞萨纳利用，所以白河愁要找他讨回这笔债。另外，众人还了解到监察者和使徒的关系，那么所谓的“人类补完计划”亦可能是和监察者有关，而拥有多重身份的加持就是为了调查这件事而留在EVA组织中，且他已经查得一些非常重要的证据。
这一战的格局和《第四次超级机器人大战》中的“火星之决战”非常相似，所以打法也差不多，目标只有一人那就是监察者总司令塞萨纳。其实，在外星人中也有值得同情的，比如洛夫和塞蒂本想在这场战斗之后就离开战场，过回一般人的生活，可惜在这场无比惨烈的战斗中，他们也不知自己能否保全性命。对隆德贝路舰队而言，这是场决定地球命运的一战，因为他们一直以为只要打倒监察者就可以获得真正的和平，不过……
说回这场战斗，虽然说要对付的只是塞萨纳一人，其实要对付的是在场所有“有头有面”的任务，特别是夏皮洛这个真正的地球叛徒。在战斗开始后，隆德贝路舰队应尽快往上行，不过要以不离开右边的深谷为限，要靠左行动。因为敌人的增援部队就是在右下和左上方出现，所以如果闪避不及的话就会出现危机。至于敌人的部队会非常有秩序地一小队一小队冲过来，所以保管我军有足够时间应变，这点绝对不成问题。
而在对付完了敌人的增援之后，就要快些回到原有的地方，因为敌人又会再次向隆德贝路舰队攻击，且他们全是两回行动的，所以如不预先向下移动的话，就会遭到连续攻击。敌人的主力部队在我军机体比较接近时方开始移动，必须注意塞萨纳的巴兰命中率奇高，且射程是10格！先前若说得东方不败，他便会前来增援。
- DC：第78话 FINAL OPERATION
终于歼灭了监察者，似乎一切都结束了，但仔细一想，其实还有很多事情仍未解决：伊狄的事、EVA的事等等，无论如何现在还是先回地球再重详计议。当隆德贝路舰队回到地球圈时，梭罗号上的DEATH SENSOR突然有所显示，而且不是一般的东西，而是一个巨大的物体……原来这就是西洛克最后的手段能让阿库西斯坠落地球！ 本话最先出击的机体是梭罗号，因为没有多大的战斗力，只是做做样子罢了，所以尽可能不要移动梭罗号，以免被敌人有机可乘。特列斯的多鲁杰斯Ⅱ则无须担心，因为强得过分，敌人根本打不动它。到了第2回合，富士皇后号终于回来，特列斯他们就会撤退，之后的战斗就交于隆德贝路舰队负责。因为敌人机体的数目不是很多，但其中不乏基·欧、精神力高达mkⅡ、恶魔高达和巨型尊者高达这些强劲的机体，所以这场战斗也不是很容易的。
将敌人全部消灭之后，就可以实行停止阿库西斯的行动，其实只要将机体停留在阿库西斯上，且数目越多，阿库西斯停止的时间就越快。将阿库西斯完全停下来就算是完成任务。
结束之后，又有一队神秘部队突然出现，原来是巴夫库兰星人，且其中就有哈露露。不过经过其妹妹卡拉拉一番劝解之后，再加上她得知卡拉拉怀了地球人的孩子，态度有了180度大转变，竟然立刻弃暗投明。但是因为她是NPC，且又身处敌阵中，所以隆德贝路舰队再次出击。此时，恶魔高达和尊者高达再次出现，且力量比先前还要厉害。因此，下半场的这番战斗有两个目的：救出哈露露、阻止恶魔高达前往地球。其实对付恶魔高达用不着这么多人手，只需多蒙等少数人即可，而哈露露那边则要大队人马去收拾敌军。多蒙那边先将巨大尊者高达击倒，然后恶魔高达被击倒一次后会变成最终形态，当此HP被削至一半后，多蒙就可以唤醒铃，两人合力打出“石破LOVE LOVE天惊拳”，将恶魔高达摧毁！（如果先前走地上篇说得东方不败的话，则由这对师徒合力使出“最强石破天惊拳”）
在所有敌人被消灭后，西洛克再次出现，且驾驶着瓦路西奥这艘超级机体！为了打破瓦路西奥的结界，特列斯不惜牺牲自己的生命，这是西洛克的最后机会，亦是地球最大的危机！但是就算西洛克死了，众人依然未能阻止阿库西斯降落地球，在这最后关头，贝斯他们竭尽全力地祈祷，伊狄安的能量发挥到极限……耀眼的光芒过后，伊狄安众人和阿库西斯一起消失了！ 一切都结束了，至于另一个幕后主使者碇根渡，则由加持解决了，他回到第二新东京市发动“自爆”！（大快人心！那个阴森、傲慢的碇大叔终于也有这一天！）之后，众人回到自己的地方，开始新的生活……
- 监察者和波赞达鲁：第68话 游彷的命运之光
现在隆德贝路舰队要对付的是监察者-波赞达鲁联合军，他们正要对地球展开总攻击，为了阻止他们的计划，布拉度唯有立刻与特列斯联络，希望隆德贝路舰队能够与联邦军一同采取行动。特列斯接到消息后，便派蕾蒂出任联邦军的前线指挥官，目的是协助隆德贝路舰队，他更将所有行动的决定交由布拉度处理。 但是世事难料，就在隆德贝路舰队赶往与蕾蒂的回合点时，居然遇上了提坦斯的残党，于是战斗再次展开。敌人的部队大致分为两部分，隆德贝路舰队可以利用之间的陨石作为掩护，以逸待劳等候敌人进入我军的攻击范围才作出攻击。不过敌阵中的捷利特和玛娅有两回行动，应先将他们消灭比较安全。当亚历山大号被击沉后，提坦斯便会撤退，接着是巴夫库兰军登场。第5回合时狄奥驾驶着新机体地狱死神出现，回归隆德贝路舰队。而伊狄安则在达拉姆出现后，突然暴走并发动了两次伊狄安枪。如果此时我方人员不幸站在其射程内的话，皆会光荣“牺牲”的。
为了查出为何伊狄安有这样的情况出现，谢莉儿决定要仔细调查一下。另一方面，西洛克竟然与波赞达鲁结成同盟……
- 监察者和波赞达鲁：第69话 砂上楼阁
基瓦桑虽为十三人众之首，但他觉得并未受到应有的尊重，就以与西洛克结盟一事为例，他觉得在波赞达鲁军中已没有太大的发展了。妮尔看穿这一点，便乘机挑拨基瓦桑自立门户……另一方面，从回到隆德贝路舰队的狄奥口中，众人得知提坦斯已和巴夫库兰军达成某种合作的消息。
当隆德贝路舰队到达预定与蕾蒂会合地点时，发现他们正受到波赞达鲁军的攻击，于是立刻派遣机体前去救援。不过希罗和特洛瓦的机体风神、雷神皆HP很高，无须担心，有时候还是要留一两个弱小的敌人在他们身边，免得这些NPC冲到敌阵中去。第3回合或初期敌人全灭后，马克贝率领的DC登场；第6回合火敌全灭后，卡多鲁驾驶着WING 0出现，希罗和特洛瓦见他已经失去了理智，便齐齐向他发动攻击。因为WING 0的HP不高，很有可能会被希罗、特洛瓦杀死，所以还是用跳发将他从那两人身边引开来。坚持到第8回合时，特洛瓦为了令卡多鲁清醒过来，竟然替希罗挡了对方的一击，消失在太空中。此时卡多鲁也清醒过来，和希罗一同离开战场，寻找特洛瓦去了。
- 监察者和波赞达鲁：第70话 称为爱的自我
大家还记得死之商人阿曼达拉·卡曼达拉吗？他现在又主动联络隆德贝路舰队，目的是提供一些情报。据他所言，基瓦桑的行动有些古怪，好像已经与其同伴失去默契似的（应该是离群才对）。而且他更将一名叫奥丽碧的少女囚禁在旗舰内，原来奥丽碧就是达巴失踪了的妹妹（义理上的妹妹，严格来说更接近恋人）。达巴听到这个消息后显得非常激动，私自驾驶着L-GAIM mkⅡ前往基瓦桑所在地，阿姆则悄悄地跟着他。
当达巴找到基瓦桑的部队时，发现监察者的塞布也在其中。第2回合，波赞达鲁的副官芙露·弗拉特赶到责问基瓦桑为何私自行动，不过接下来她依然是要攻击达巴的。让阿姆和达巴各攻击芙露一次（不能杀死她），便可说得她。第3回合，隆德贝路舰队就会赶到，而塞布也会招来外星人部队。为了达巴的安全考虑，还是让L-GAIM mkⅡ退后少许，与本队会合后再度发起攻击。第6回合，巴夫库兰军也来凑热闹，不过他们这一系的机体都不是很强，大可轻松应付过去。当伊狄安攻击哈露露时，科斯茂就会劝她不要再战斗下去，原来她和卡拉拉是姐妹俩。虽然结果还是难免一战，但这已似乎是两族之间和解的曙光。而基瓦桑的母舰则要达巴攻击两次，与奥丽碧对话后才能击沉母舰。
- 监察者和波赞达鲁：第71话 崩溃之序曲
在正式进攻露娜Ⅱ之前，隆德贝路舰队内部先进行一次作战会议。在会上美里提到除了波赞达鲁军外，提坦斯也参与了他们一方的布防行动，且殖民卫星联合与DC的动向，暂时仍未明朗。因为露娜Ⅱ的内部不能让大型机器人进入，所以伊狄安、泰坦3、断空我、战国魔神、真三一万能侠、GP-03、V型电磁侠、三部EVA（如果主角是超级系的话，亦会被计算在内）负责外围的警戒工作。当分配好各人的岗位后，隆德贝路舰队便展开突破敌人防线的作战。
敌人的配置很明显分为四部分，除了提坦斯、监察者以外，连波赞达鲁军也分为基瓦桑、波赞达鲁两派。战斗一开始，受到哈萨挑拨的阿丝菲出现并向达巴扬言要报杀母之仇，可以让达巴上前对她解释，令其加入隆德贝路舰队。因为敌人分得较开，所以我军行动起来也比较便利，可将其逐个击破。当波赞达鲁军的人数降至一半以下时，基瓦桑便以反抗波赞达鲁独裁为名发动叛乱。至于达巴，可先让他攻击一下基瓦桑的母舰，然后他就会为了救妹妹奥丽碧而潜入母舰中一回合，此时千万不要击沉该母舰。剩下提坦斯部队则不为所惧，而监察者大可用魂配上大技将其一击格杀。另外，如果三个回合内不对监察者作出任何攻击，他们就会撤退。
- 监察者和波赞达鲁：第72话 涂改了的地图
除了母舰及超级机器人外，其余的成员都进入露娜Ⅱ内部，希望能够直捣敌人心脏。这里的敌人也是分散配置的，很容易被我军各个击破。需要注意的是像西洛克这种BOSS级的敌人有“剑挡格”的特技，浮游飞翔炮之类的武器很容易被他们破掉，因此还是改换光线武器或地图炮较好。另外，如果熟悉《机动战士Z高达》的话，千万不要按照原作的剧情让加美尤杀死西洛克，因为这样做西洛克会在临死前发动最后的力量，将加美尤的心带走，如此一来加美尤就再也不能出击了。先前如果曾说得芙露的话，今次可以再度说得她，并让其说得波赞达鲁（影武者米安）。
正在露娜Ⅱ外面等待的布拉度，收到内部战斗已经结束的消息后，以为可以松口气时，不料真正的战斗现在才开始。一直帮助众人的阿曼达拉·卡曼达拉终于显出原形，他才是真正的波赞达鲁！第3回合时，希罗的WING 0和卡多鲁的沙漠高达改前来增援，当然前提条件是第69话“砂上楼阁”中必须说得卡多鲁。第5回合，在我军参加内部战斗的机体出现（只能选择6部机体，达巴强制出击）。第6回合，富士皇后号和GUNBUSTER出现，不过他们的到来实在太迟，且又距离较远，根本就没有发挥的机会。
对波赞达鲁军之战总算是结束了，为了答谢隆德贝路舰队的帮助，达巴决定和大家继续一起战斗。
- 监察者和波赞达鲁：第73话 时机来临
以往曾是敌人的白河愁，此番却丝毫没有敌意并提供了不少有用的资料给众人。原来DC再次复辟、波赞达鲁军入侵地球等事件都是监察者总司令塞萨纳一手策划的。至于白河愁的古兰索和富士皇后号、GUNBUSTER所使用的科技，也是从监察者那里得来的。而这一切的一切，都似乎是塞萨纳早有预谋的安排。
而多蒙在失去铃的消息后一直感到不安，众人只得安慰他说战争结束后一定有机会再见面的。当隆德贝路舰队到达龙迪尼安附近，收到那里发出的求救讯号，于是阿姆罗、西布克等先行一步去救援。 发动攻击的DC残党，虽然表面上没有什么特别之处，但大多数是可以两回移动的。而且马修曼他们的主要目的是占领殖民卫星，故我军一开始就要以最快速度去占据殖民卫星，以免被敌人侵入。消灭DC军后，洛夫他们率领着亲卫兵出现，同时我方援军亦在地图中央出现。第8回合或者将监察者击退后，姬丝驾驶着亚古多·德加并带着夏牙的爱机沙沙比、特洛瓦驾驶着重装高达改加入队伍中，美基波斯亦以枢密院特使的身份来到，说要让塞萨纳停止和地球的战斗。因为特洛瓦带着WING 0改装零件，所以现在可以将希罗的WING 0 CUSTOM化。
- 监察者和波赞达鲁：第74话 虚假的协定
由收集得来的情报中显示，现在殖民卫星中主张开战的人只占少数，而布列斯准将他们正奔走于各个卫星之间，希望能化解一次无谓的战争。至于他们的努力也得到了成果，桑古王国正渐渐恢复到以往和平主义的道路上。可是DC军却在此时对桑古王国发动侵略行动，为维持殖民卫星联合现在的路向，布拉度下令各舰立即前去增援。
米利亚特（即塞克斯）是殖民卫星中少数的主战派中一人，而他为了显示与哈曼合作的诚意，要与隆德贝路舰队为敌。布拉度此时要考虑是否应和这些殖民卫星的部队开战：如果选择战斗的话，会给予好战派一个开战的借口；反之选择逃避的话，又会让其坐大。在衡量各方的利害之后，布拉度决定迎战。
对方的机体并不是很强，且命中率较低，米利亚特的艾比安虽然HP较高，但无法远程攻击，大可用1格以上的射程的武器“屈”死他。第2回合，水之魔装机神GADES（狄蒂）以及火之魔装机神GROUNVOLL（黄炎龙）赶到，不过因为没有替其改装所以很弱，还是不要让他们参战较好。第4回合，特列斯率领其手下出现，质问米利亚特为何要挑起战火，得到的回答是“为了人类的将来，必须要与地球联邦政府为敌”。原本就没有太大困难的战事，在得到特列斯的协助下，更是显得一面倒。 战斗结束后，布拉度便问特列斯这样的战争是否真的有所需要，而特列斯则回答既然对方选择了这条道路，那么我们也只得以武止戈。末了他又补充了一句，隆德贝路舰队是一支独立部队，可以自行决定应该要如何行事，并不需要盲目地听从上级指示。当特列斯和蕾蒂私下谈起时，他认为人类的未来是决定在莉莉娜手中，她必定可以继承他的理想，建立一个和平的地球圈。
- 监察者和波赞达鲁：第75话 不请自来的访客
美基波斯再度来访，向众人解释说他是直属于枢密院的特使，和塞萨纳来自同一个星球，而他们那里最高国家机关就是枢密院了。当他们正和地球方面作技术交流的时候，塞萨纳却违背了祖国的意愿，私自计划侵略地球。美基波斯此行的目的，就是向塞萨纳发出最后通牒，要他停止目前的活动。当隆德贝路舰队完成补给工作后，洛夫等人又出现在月面上。
在洛夫拒绝了美基波斯的劝告后，战斗就开始了。NPC的美基波斯不愧是监察者的小队长，实力非常强劲，根本无须担心他的安危，但是拥有如此强大力量的美基波斯却总是攻击实力差、HP最低的小杂鱼们，真是精明之极！而敌人则分布在三个地方，逐个将其击破的同时，也不要忘记在月面都市前筑起一道防线，阻止敌人进入月面都市。第3回合，白河愁和萨菲妮赶来助阵，前者的实力尚可，后者则有些危险，需要我军派些人前去照顾他们，免得被那两个小队长攻击。将监察者击退后，巴夫库兰星人又出现了，不过这些敌人实力不高，大可轻松应付。
自称是地球爱好者的白河愁，否认他是要利用隆德贝路先打倒异星人，然后再由自己霸占地球的说法。布拉度觉得既然对方真是希望能为地球和平出一分力的话，也就准许了让白河愁和萨菲妮加入队伍中。据白河愁所说，塞萨纳其实就是那次令异星人大部分高官死亡的爆炸的幕后策划人，他的目的是要独占地球人的军事发展能力以及异星人高科技的优点，进而达到他侵占地球的目的。至于在NERV本部地下的第一使徒ADAM，则很可能是异星人、地球人以及使徒的共同祖先。
- 监察者和波赞达鲁：第76话 在命运之眼中
美基波斯认为与其等塞萨纳行动，不如自己这一方面先下手为强。据他所得知的消息，塞萨纳的据点就是在月球上，于是布拉度决定发起总攻。塞萨纳在战斗开始前，先阐述了他自己的那番理论以及从人类以往血腥的历史中，认定这是一个低等的民族，而他本人是决不容许这种低等动物存在于银河之间的。美基波斯虽然是塞萨纳的同族，却对他的那番偏见不敢苟同，美基波斯认为这只能证明他们是未成熟的种族，因此坚决执行枢密院的命令，不准对地球使用任何武力。 这场战斗可说是一场硬仗，特别是塞萨纳的机体巴兰，异常强劲。所幸那四名BOSS不会发动主动攻击，除非你进入其射程内。第4回合，张五飞驾驶着双龙高达出现在地图最上方，好在他的移动力不高，不会造成自动去送死的局面。如果先前说得东方不败的话，他也会在此出现并正式加入队伍中。
- 监察者和波赞达鲁：第77话 失败者的凯歌
受到莎莉邀请的隆德贝路舰队来到方布朗市，得知特列斯期望莉莉娜成为统一地球圈的推动者，但提倡完全和平主义的她现在实际是处于被幽禁的状态中，而桑古王国的大权，实际上已转移到她的哥哥米利亚特手上。至于他和DC的合作，正是联邦政府颇为头痛的问题。这时，突然收到报告说正有十个以上的殖民卫星正向地球移动！听到此消息后，众人无不大感震惊，因为若这些卫星真的坠落地球的话，肯定在地球上所有的生物都会全部灭绝。在这紧急情况下，隆德贝路舰队立刻离开月球，向着地球进发。
由于以炸弹来破坏殖民卫星可能会引起一些很严重及不可预料的结果，因此，赤木律子便提出利用一种名为“ICE SECOND”的物质来停止反应炉的活动，可是这项行动需要在每部机体上各自配备一枚，并将之安装在殖民卫星上才能发挥功效。 本话可派出16部机体，殖民卫星有14个，只要让机体停留在卫星顶部就可以停止其活动。当然除了要设置“ICE SECOND”外，还需抽空应付DC和殖民卫星联合的部队，其中尤以上方的哈曼部队较难对付。第3回合，特列斯带着援军抵达。当柯瓦特洛与哈曼发生战斗时，他会再次尝试说服哈曼放弃这个疯狂的计划，但由于对方始终执迷不悟，因此柯瓦特罗只好击毁她的机体，令她不能再为祸人类。（如果米利亚特是最后一个敌人的话，特列斯便会以自爆希望米利亚特醒悟）
在DC和殖民联合军失败后，剩下的敌人只有巴夫库兰星人，因对方失去了西洛克在物资上的支持，所以他们正打算以短期作战来和隆德贝路舰队一决雌雄。于是，特列斯就命令布拉度做好作战准备，以应付这最后的一战。
- 监察者和波赞达鲁：第78话 起始与终结集合之地
被隆德贝路舰队救回来的多萝茜，以为自己是鼓吹战争的其中一份子，应该受到制裁。可是卡多鲁对她说既然人类之间的战争已经结束了，所以大家应该忘掉以往的事而迎接和平的到来。卡拉拉这时也发现自己已经怀上了贝斯的孩子，正当贝斯向布拉度说明此事时，雷达上又发现敌人来袭，而且竟然是监察者！
原来夏皮洛接管了塞萨纳的残余部队，他还说自己的目标并不只是这小小的地球而是整个宇宙，对于他的狂妄，莎萝和藤原忍自然是非常愤怒，断空我主动出击迎战。但是夏皮洛使用了异星人的克隆技术，制造出五个分身来，必须打倒真正的夏皮洛才行。虽然不知道谁是正体，但是只要一个个打过来，总会有一个是真的吧？！而乌鲁巴少校竟然为了令恶魔高达复活，将铃作为其生命单元！当乌鲁巴的巨型尊者高达和铃的恶魔高达出现在多蒙面前时，一时间多蒙几乎失去战斗意识，所幸东方不败在一旁激励他要他去救出铃。在这一场战斗中铃是不能说得的，因此不要再白费工夫直接打倒她吧。 好不容易击败了恶魔高达和夏皮洛等人，此时巴夫库兰星人向隆德贝路舰队发动最后的攻击。这时，卡拉拉腹中的胎儿突然放出一阵红光，将她送到哈露露身边，姐妹俩一番长谈令哈露露弃暗投明。不过哈里露也因此受到同族人的攻击，隆德贝路舰队便要尽全力去救她了。而乌鲁巴和铃亦出现在最东面，只要派多蒙、东方不败等二、三个人去解决就可以了。此时不妨用激励给多蒙提高气力值，发动超级模式后的神高达还是很强的。先将乌鲁巴的巨型尊者高达毁灭后，再让多蒙去攻击恶魔高达，当其HP降至一半以下时，多蒙就会向铃告白（这可是高达史上号称最“无耻、大胆”的告白，因为原作中多蒙是当着整个地球圈人类的面说的，为何游戏中不将之全部配音呢？），铃挣脱恶魔高达的控制、飞入多蒙怀中，两人齐使爱的石破天惊拳，将恶魔高达彻底摧毁。但是，战斗并未结束，因为真正的夏皮洛驾驶着瓦路西奥出现了，在其力量下殖民卫星再度向地球坠落，危急时刻伊狄安的众人上前发动伊狄最大的力量，闪光过后他们和卫星一同消失了。此时捷利特驾驶着基·欧出现，而特列斯则乘机上前以自爆炸毁了瓦路西奥的结界装置。为了不辜负所牺牲的人，为了地球的和平，众人竭尽全力终于打倒了夏皮洛，加持则用自爆的方法和另一个幕后主使者碇司令同归于尽…… 和平降临整个地球圈，一同战斗的伙伴们也到了分别的时刻，他们各自回到自己的家乡，开始新的生活……